ウラインターネットゼロ（中央）
グリーンエリア2にある電脳大木、その裏を調べると入ることができる。
奥まで行くとフォルテが出現し、戦いに勝利すると「コウモリのカギ」が手に入る

ウラインターネットゼロ（東側）
東側へはウラインターネット1から入ることができる。道を塞ぐ扉は、暗証番号「729」を入力すると開く。 ここには予備フォルダである「ソウルフォルダ」をくれるナビと、3000Zで「WWWID」を売ってくれるナビがいる

ウラインターネット2上層にある扉はウラインターネット3につながっており、「マシーンソード」を持っていれば開く

アンダーグランド2からいける隠しエリア。入る為にはウラインターネットゼロでフォルテを倒し、「コウモリのカギ」を手に入れておく必要がある

隠しエリア。
一度ゲームをクリアした上で、100種類以上のスタンダードチップをライブラリに登録していないと入ることができない。 初めて中に入るとメールが届き、読むとグレイガverなら「ギガントフックH」ファルザーverなら「メテオナックルN」が手に入る

グレイブヤード2
途中にある扉はスタンダードチップを全て集めれば開くことができる
（タイトル画面に「STDcomp」のマークがつく）
坂の上でフォルテSPと対決。
勝利するとグレイガverなら「フォルテF」、ファルザーverなら「フォルテアナザーF」が手に入る
（タイトル画面にフォルテマークがつく）

VS RVナビ
フォルテSPを倒してプラグアウトし再びグレイブヤード2を訪れると、いくつかの墓標が光るようになる。これを調べるとSPナビよりも強いRVナビが出現。 戦えるのはブラストマンRV、ダイブマンRV、サーカスマンRV、ジャッジマンRV、エレメントマンRV、カーネルRVの6体。 プラグアウトせず全てのRVナビを倒した後、坂の上へ行くと再びフォルテSPが出現する。

VS GビーストSP/FビーストSP フォルテBX
フォルテSPを倒した後、アンダーグラウンド2の高台(獣化ロックマンと戦った場所)へ行くと、 獣化ロックマンとフォルテが出現。グレイガverならGビーストSP、 ファルザーverならFビーストSP、フォルテBXとの連戦になる。
勝利するとグレイガverなら「カーネルフォースQ」、ファルザーverなら「サイトバッチJ」を入手できる
（勝利後はグレイブヤード1にGビーストSP/FビーストSP、グレイブヤード2にフォルテBXがランダムエンカウントで出現する）

VS グレイガSP/ファルザーSP
「STD comp」＝スタンダードチップコンプリート
「Mega comp」＝メガクラスチップコンプリート
「Giga comp」＝ギガクラスチップコンプリート
「PA comp」＝PAメモを全て埋める
「フォルテマーク」＝フォルテSPに勝利
上記5つのマークがタイトル画面に表示されている状態でコピーロイドの電脳へ行くと、パワーアップした グレイガSP、ファルザーSP が出現。SP勝利後のEDは少しだけ変化する