| ミッションの流れ |
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[01：オープニングミッション] ↓ ┌───────────────────────────────────────────────┐ [02：ネオ・アルカディア軍の偵察] [03：ダークエルフ反応の確認] [04：工場の破壊] [05：ダークエルフの調査] └───────────────────────────────────────────────┘ ↓ [06：ミサイル発射阻止] ↓ ┌───────────────────────────────────────────────┐ [07：ネオ・アルカディア軍の迎撃(1)] [08：ネオ・アルカディア軍の迎撃(2)] [09：ネオ・アルカディア軍の迎撃(3)] └───────────────────────────────────────────────┘ ↓ [10：ネオ・アルカディア潜入] ↓ ┌───────────────────────────────────────┐ [11：施設の調査(1)] [12：データの回収] [13：データファイルの回収] [14：施設の調査(2)] └───────────────────────────────────────┘ ↓ [15：アンダー・アルカディア] ↓ [16：ラストミッション] |
| 01：オープニングミッション |
| エリア：壊れた宇宙船 ボス：オメガ |
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シークレットディスク： 007：ステージ中の箱の中 024：雪で隠れた穴の下 037：ステージ中に配置 050：ステージ中に配置 101：ステージ中に配置 111：ステージ中の箱の中 133：青い砲台(グランドキャノン)を5体倒す 140：地面から出てくる敵(シュリンポリン)を3体倒す 156：飛行する青い敵(バットンリング)を4体倒す 158：飛行する緑の敵(シャットカウンター)を4体倒す |
| レジスタンスベース |
| シークレットディスク： 023：中盤、2階右の部屋、02Dと書かれた部屋にいるレジスタンスのクイズに正解 044：終盤、メンテナンスルームでロシニョルと何度か話す 058：右側の砲台の中にいるレジスタンスに話しかける 092：序盤、セルヴォに話しかけ「話をする」を選択、それを何度か繰り返す 099：3階左端、03Dと書かれた部屋 106：屋上、左の砲台の根元 107：序盤で老人アンドリューに話しかけて話を聞き、中盤でクイズに答える 116：中盤、アルエットに何度も話しかけ、質問に答える 165：シエルの部屋 166：セルヴォの部屋 167：序盤、4階右から2番目、メンテナンスルームにいるロシニョルに何回か話しかける 168：2階左側の部屋 169：中盤、2階左にいるイブーに何回か話しかけ、質問に答える 170：4階右から2番目、メンテナンスルーム 171：1階左側の部屋 172：1階右側の部屋 173：終盤、4階左端にいるイロンデルに何回か話しかけ、クイズに答える 174：終盤、セルヴォの部屋への通り道にいるドワへ何回か話しかける 175：序盤、1階右にいるメナートに何回か話しかけ、質問に答える 176：4階左側の部屋 ※人からもらえるディスクは、ゲーム進行状況によっては貰う事ができなくなります。 |
| 02：ネオ･アルカディア軍の偵察 |
| エリア：アグニス火山の基地 ボス：ブレイジン・フリザード |
| シークレットディスク： 008：ステージ中の箱の中 026：ステージ中に配置 047：ステージ中に配置 072：ステージ中の箱の中 073：ステージ中に配置 102：ステージ中の箱の中 114：ステージ中に配置 141：マグマから出てくる敵(ヴォルケール)を3体倒す 146：火炎放射をする敵(ランプロート)を4体倒す 152：中ボス(クロスバイン)を10体倒す |
| 03：ダークエルフ反応の確認 |
| エリア：海上のハイウェイ跡地 ボス：チルドレ・イナラビッタ |
| シークレットディスク： 005：ステージ中に配置(スタート地点の真下) 009：ステージ中に配置 049：ステージ中に配置 059：ステージ中の箱の中 075：ステージ中に配置 079：中ボス(改造パンテオン・アクア)を倒す 113：ステージ中の箱の中 159：魚型の敵(シャークシールX)を4体倒す 160：貝型の敵(シェルーノー)を4体倒す 161：氷を作る敵(アイスボン)を3体倒す |
| 04：工場の破壊 |
| エリア：兵器再生工場 ボス：ヘルバット・シルト |
| シークレットディスク： 012：ステージ中の箱の中 052：ネズミ型の敵の巣を3つ壊す 053：ステージ中の箱の中 084：ステージ中に配置 093：中ボス(ビーサーバー)を倒す 100：ステージ中に配置 104：ステージ中に配置 115：ステージ中に配置 131：ゴミ型の敵(ダスロック)を5体倒す 147：ネズミ型の敵(レミングルス)を5体倒す |
| 05：ダークエルフの調査 |
| エリア：旧居住区 ボス：デスタンツ・マンティスク |
| シークレットディスク： 001：ステージ中に配置 013：ステージ中に配置 028：ステージ中の箱の中 039：ステージ中の箱の中 048：ステージ中に配置 067：中ボス(メガミルパ)を倒す 074：ステージ中に配置 112：ステージ中に配置 135：柱の砲台(ピラーキャノン)を3体倒す 145：植物型の敵(セーメラン)を5体倒す |
| 06：ミサイル発射阻止 | |
| エリア：ミサイル工場 ボス：クリエ＆プリエ | |
| シークレットディスク： 021：ステージ中の箱の中 030：ステージ中に配置 055：ステージ中に配置 057：ステージ中に配置 090：ステージ中に配置 098：ドーム型の敵から出てくる敵(キートン)を6体倒す 117：ステージ中の箱の中 127：人型の敵(パンテオン・ガーディアン)を4体倒す 138：ドーム型の敵(ジェネレーターキャノン)を3体倒す 139：天井についた砲台(アイキャノン)を4体倒す |
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| 07：ネオ･アルカディア軍の迎撃（1） |
| エリア：夕闇の砂漠 ボス：アヌビステップ・ネクロマンセス5世 |
| シークレットディスク： 022：ステージ中に配置 031：ステージ中に配置 065：輸送機(キャリビーG)を2体倒す 085：ステージ中の箱の中 089：中ボス(オールワーマー)を倒す 091：地面から飛び出す敵(シュリンポリン)を5体倒す 105：ステージ中に配置 118：ステージ中に配置 153：爆発する敵(フロッパー)を5体倒す 154：飛行する紫の敵(パープルナープル)を5体倒す |
| 08：ネオ･アルカディア軍の迎撃（2） |
| エリア：アナトレーの森 ボス：ハヌマシーンR |
| シークレットディスク： 002：ステージ中に配置(木を燃やす) 014：ステージ中の箱の中 040：ステージ中に配置 063：ステージ中に配置(木を燃やす) 071：ステージ中に配置 076：ステージ中に配置 108：ステージ中に配置 119：ステージ中に配置 134：壁から出てくる砲台(タイルキャノン)を7体倒す 157：ハチ型の敵(メルネット)を5体倒す |
| 09：ネオ･アルカディア軍の迎撃（3） |
| エリア：氷の前線基地 ボス：ブリザック･スタグロフR |
| シークレットディスク： 015：ステージ中の箱の中 032：ステージ中に配置 035：ステージ中に配置 066：ステージ中に配置 068：ステージ中に配置 109：ステージ中に配置 120：ステージ中の箱の中 128：水中にいる人型の敵(パンテオン・アクア)を3体倒す 132：プロペラ砲台(ジャイロキャノン)を3体倒す 136：緑の砲台(ヘビーキャノン)を4体倒す |
| 10：ネオ・アルカディア潜入 |
| エリア：エリアX-2 ボス：コピーエックスMk2 |
| シークレットディスク： 034：ステージ中の箱の中 042：ステージ中の箱の中 061：ステージ中に配置 062：ステージ中に配置 069：ステージ中に配置 070：ステージ中に配置 077：ステージ中に配置 110：ステージ中に配置 121：ステージ中の箱の中 137：壁の砲台(カプセルキャノン)を4体倒す |
| 11：施設の調査（1） |
| エリア：エネルギー施設 ボス：キュービット・フォクスター |
| シークレットディスク： 004：ステージ中に配置(最後の広い部屋左上) 056：ステージ中の箱の中 064：ステージ中に配置 078：ステージ中に配置(2つ目の動力炉直後、壁の中) 082：ステージ中の箱の中 095：ステージ中に配置 124：ステージ中に配置 149：中ボス(ロコモIF)を倒す 150：ケーブル型の敵(スネーケーブル)を4体倒す 155：ガ型の敵(モスジーロ)を9体倒す |
| 12：データの回収 |
| エリア：雪原 ボス：グラチャー・レ・カクタンク |
| シークレットディスク： 003：ステージ中の箱の中(雪で隠れている) 025：ステージ中に配置 029：ステージ中に配置 046：中ボスの吐く雪だまを5個壊す 060：中ボス(ブランワーマー)を倒す 086：ステージ中に配置 103：ステージ中の箱の中(雪で隠れている) 123：ステージ中の箱の中 130：鉄球を振り回す敵(パンテオン・ベース)を4体倒す 162：オレンジの敵(シェルクローラー)を4体倒す |
| 13：データファイルの回収 |
| エリア：水没した図書館 ボス：ヴォルティール・ビブリーオ |
| シークレットディスク： 010：ステージ中に配置 016：ステージ中に配置 017：ステージ中に配置 018：ステージ中に配置 033：ステージ中に配置 043：ステージ中の箱の中 051：ステージ中に配置 094：ステージ中の箱の中 096：ステージ中に配置 125：ステージ中に配置 |
| 14：施設の調査（2） |
| エリア：巨大エレベーター ボス：トレテスタ・ケルベリアン |
| シークレットディスク： 027：ステージ中の箱の中(ロッドで壊せる壁の奥) 041：ステージ中に配置 045：ステージ中に配置 054：ステージ中に配置 080：ステージ中の箱の中 088：中ボス(スピルーク)を倒す 122：ステージ中の箱の中 129：茶色い人型の敵(パンテオン・フィスト)を4体倒す 144：カニ歩きの敵(ショットロイド)を6体倒す 148：鉄球を持つ緑の敵(キャタタンク)を5体倒す |
| 15：アンダー・アルカディア |
| エリア：アンダー・アルカディア |
| ボス：クリエ＆プリエ |
| シークレットディスク： 006：隠しボスに勝利 036：ステージ中に配置 038：ステージ中に配置 081：ステージ中に配置 083：ステージ中の箱の中 087：ステージ中の箱の中 142：天井にいる敵(クラベッガー)を5体倒す 143：3本足の転がる敵(ぺタトリア)を3体倒す 163：跳ねる青い敵(キャノンホッパー)を5体倒す 180：ステージ中に配置 |
| 16：ラストミッション |
| エリア：バイル研究所 ボス：オメガ |
| シークレットディスク： 011：ステージ中の箱の中 019：ステージ中の箱の中 020：ステージ中の箱の中 097：ステージ中の箱の中 126：人型の敵(パンテオン・ハンター)を5体倒す 151：ステージ中の箱の中 164：ステージ中の箱の中 177：ステージ中に配置 178：ステージ中に配置 179：ステージ中の箱の中 |