[01：シエル救出]
↓
[02：廃棄レプリロイド救出]
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　　[03：ゆそう列車を破壊しろ]
　　　├[09：コルボー・チームを探せ]
　　　└[06：工場をうばえ]→[11:工場を守れ]

　　[04：行方不明機をさがせ]
　　　├[10：敵地上部隊をけいかいせよ]
　　　└[08：ひみつ基地をさがせ]→「12：ハッキングを阻止せよ」

　　[05：ロストデータを回収せよ]

※上記のうち4ミッションクリアで発生
[07：巨大メカニロイド侵入そし]
└───────────────────────────┘

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[13：レジスタンスベース死守]
（ミッション07、10の失敗かリタイアで強制的に発生）
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[14：敵ベース潜入]
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[15：ネオ・アルカディアの塔]
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[16：ネオ・アルカディア本部]